Je wordt gemarteld, een ander dier ook. Dan heb je de kans om te ontsnappen. Je rent weg, maar daar staan weer professoren en cirkelzagen op je te wachten om je te martelen, Vlucht!
Je gaat met Zero naar het verleden. Na een tijdje kom je megaman tegen, eerst herken je elkaar niet en ga je tegen elkaar vechten, maar als je sterker dan Megaman bent, ga je verder en ben je weer vriend, net zoals vroeger.